Ihr Auskommen fand sie als Heil- und Sonderpädagogin sowie als Rhythmik-Lehrerin. Ab 1987 gab Martina Schäfer zudem Selbstverteidigungs- und Selbstbehauptungskurse für Frauen. 1990 erweiterte sie dieses Angebot für Frauen mit Behinderungen, womit sie zu den Pionierinnen in diesem Bereich zählte.
Von München zog sie 1985 auf den Weghof bei Nesslbach (Niederbayern). Dort war sie neben der Philosophin und Kulturwissenschaftlerin Dr. Heide Göttner-Abendroth eine der Mitbegründerinnen der «Internationalen Akademie HAGIA». Diese verfolgte eine spirituell gelebte Form der Matriarchatsforschung. So wurden auf dem Weghof spirituelle Jahreskreisfeste abgehalten, die auch von aussenstehenden Frauen (Coven-Frauen) besucht werden konnten. Martina Schäfer war insbesondere für den landwirtschaftlichen Betrieb und das Geschichtenschreiben verantwortlich.
Nach einem Zerwürfnis löste sich der Gründungs-Vorstand im Mai 1990 abrupt auf. Die darauffolgenden , teils öffentlich ausgetragenen Auseinandersetzungen zwischen Heide Göttner-Abendroth und Martina Schäfer führten zu Rechtsstreitigkeiten und jahrelangen Verarbeitungsprozessen. Nach dem Eklat auf dem Weghof zog Martina Schäfer vorerst mit ihrer damaligen Freundin Maria Zemp nach Eggenfelden (Niederbayern); 1991 dann nach Velbert (Nordrhein-Westfalen). Aus diesen Erfahrungen entstanden verschiedene literarische und wissenschaftliche Texte, in denen sich Schäfer kritisch mit Autoritarismus und Ideologie in der Frauenbewegung auseinandersetzte (als bekanntestes Werk «Die Wolfsfrau im Schafspelz», 2001).
Martina Schäfer lebte offen lesbisch und war Teil der politischen Lesbenbewegung. So war sie mit verschiedensten Lesben- und Frauenprojekten in Kontakt und bestärkte das frauliche Schaffen. Sie zählte zahlreiche Freund*innen aus all ihren Lebensstationen zu ihrem Freundeskreis und unterhielt rege Korrespondenz zu nahen und «ferneren» Freundinnen und Verwandten (Die Liste und weitere Informationen sind im Archiv einsehbar).
Ab 1993 wohnte sie in Bad Münstereifel (Nordrhein-Westfalen). Von 1993-2003 studierte sie Ur- und Frühgeschichte an der Universität Köln. Ihre wissenschaftlichen Interessen, etwa an einer geschlechtersensiblen Deutung ur- und frühgeschichtlicher Funde, wirkten sich massgebend auf ihr literarisches Schaffen und weitere berufliche Projekte aus. So war sie 1991 Mitbegründerin des Frauenbildungsprojekts «Nebenan», das archäologische Bildungsreisen und Vorträge organisierte und zudem einen Kleinverlag ins Leben rief.
Auch die Musik begleitete sie ihr Leben lang. Martina Schäfer war in verschiedenen Chören aktiv, gab 1991 ein Liederbuch heraus und komponierte.
1999 zog sie nach St. Gallen, wo sie als Heil- und Sonderpädagogin wie auch als Autorin tätig war. Das Matriarchat, die Ur- und Frühgeschichte sowie die Verarbeitung der Erlebnisse bei der HAGIA prägten sie weiterhin. Mit dem Reiseführer «Die magischen Stätten der Frauen» (2000/2003) fasste sie ihr gesammeltes Wissen zu Frauengeschichte in poetisch-politischer Weise zusammen. Rund 15 ihrer Bücher wurden in verschiedensten Verlagen veröffentlicht. Darunter befinden sich zahlreiche Kriminalromane wie In Teufels Küche (1999), Die Speerschleuder (2017), Mord im Pfahlbauerdorf (2017), Wüstenväter (2018) oder der Wessexdolch (2018). Ihre Sachbücher (Magische Stätten der Frauen und Wolfsfrau im Schafspelz) wurden im Vergleich zu den Kriminalromanen breiter rezipiert. Sie schrieb unter anderem unter dem Pseudonym Friederike Scathach, Magliane Samasow oder auch Ccabaka I. Krassnaja. Als Magliane Samasow verfasste sie in den 1990er Jahren feministische Science-Fiction und Kriminalromane.
In der Schweiz erlangte Martina Schäfer weitere Zertifikate in interkultureller Mediation und bildete sich zudem 2008 zur Schulleiterin aus. Im Lassallehaus an der Universität Fribourg machte sie 2007 den Bachelor in Interreligiöser Kompetenz und 2014 den Master of Theology. Zudem war sie ab 2017 befähigt, Gruppen geistlich zu begleiten und Exerzitien zu leiten. Am 9. August 2025 starb Martina Schäfer nach kurzer, schwerer Krankheit in St. Gallen.
Unterlagen zu Referat «Ein Siedlungsplatz des Paläolithikums am Don», 1996
Unterlagen zur Magisterprüfung an der Universität Köln, 2002
Diverse schriftliche Hausarbeiten von 1993-1996
Kurzreferat/Exkursionsvorbereitung zur Seminarreise «Archäoastronomie in der Bretagne», 1992
Diverse gepresste Blüten, v.a. in privater Korrespondenz
Unterlagen Miete Bad Münster Eifel, 1999
Diverse Fotos von Reisen: Irland, Karlsbad, Ostsee, Prag
Bei Korrespondenz Familie/Freundinnen, diverse Deckblätter von Weihnachtskarten, Geburtstagskarten, Couverts
Bei Korrespondenz Grusskarten von Bank etc. sowie weitere Werbekarten (Blumen Tschopp, Fusspflege, Läckerlihuus)
Korrespondenz Freundinnen, Sr. Carla Truninger:
Broschüren «Kathi Mosaik», 2004, 2008,2009, 2012-2014
Bless-Grabher Dr. Magdalen, 200 Jahre Mädchenschule St. Katharina Wil 1809-2009, Wil 2009.
Jubiläumsschrift «Kloster St. Katharina 400 Jahre in Wil», Wil 2007.
Institut Kleopatra. macht fit für die gesellschaft. Kathi-musical 2008.
unveröffentlichtes Manuskript eines Kriminalromans der Mutter, Helga Schäfer (1924-1971) mit dem Titel "Peter Lawrence findet eine Lösung"
Die Verzeichnung folgt dem internationalen Archivstandard ISAD(G).